Thông tư nêu rõ, phương pháp định giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh là cách thức xác định giá cho từng dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh, bao gồm phương pháp chi phí và phương pháp so sánh.

Trong đó, phương pháp so sánh là phương pháp định giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh căn cứ vào thông tin thu thập được về giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh cùng loại được cung ứng trên thị trường trong nước tại thời điểm định giá để đề xuất mức giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh cần định giá. Phương pháp chi phí là phương pháp định giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh căn cứ vào các yếu tố hình thành giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh tại thời điểm xác định giá hoặc thời gian xác định yếu tố hình thành giá nêu trong phương án giá phù hợp với quy trình chuyên môn của dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh.

Các khoản chi không được tính vào chi phí hợp lý, hợp lệ để xác định giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh gồm: 

Các khoản chi không được tính vào chi phí hợp lý, hợp lệ để xác định giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh thực hiện theo quy định của pháp luật hiện hành về các khoản chi không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế để tính thuế thu nhập doanh nghiệp và các khoản chi không được tính vào chi phí hình thành giá thành dịch vụ theo quy định của các văn bản pháp luật liên quan.

Các khoản chi phí đã được ngân sách nhà nước bảo đảm theo quy định của pháp luật, trong đó có các khoản phụ cấp đặc thù gồm: Chế độ phụ cấp ưu đãi, phụ cấp thu hút, trợ cấp và các ưu đãi khác đối với cán bộ, viên chức y tế, lao động hợp đồng và cán bộ, nhân viên quân y trực tiếp làm công tác chuyên môn y tế tại các cơ sở y tế của Nhà nước ở vùng có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn; Phụ cấp thu hút, phụ cấp công tác lâu năm, một số trợ cấp và thanh toán tiền tàu xe đối với cán bộ, công chức, viên chức và người hưởng lương trong lực lượng vũ trang (quân đội nhân dân và công an nhân dân) công tác ở vùng có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn; Chế độ phụ cấp đặc thù đối với cán bộ, viên chức công tác tại Bệnh viện Hữu Nghị, Bệnh viện Thống Nhất, Bệnh viện C Đà Nẵng thuộc Bộ Y tế, các Phòng Bảo vệ sức khỏe Trung ương 1, 2, 2B, 3 và 5, Khoa A11 của các Bệnh viện trực thuộc Bộ Quốc phòng; Các chế độ phụ cấp đặc thù theo nghề hoặc công việc.